ביום 15.10.98, בהחלטה מס’ 4418 (בק/128), כי החל משנת התקציב 1999 יידרשו גופים הפונים בבקשה לתמיכה ממשרד ממשלתי להציג אישור של רשם העמותות. עוד נקבע בהחלטה כי רשם העמותות יבחן בהתאם לנהלים ולקריטריונים שיגובשו על ידו אם העמותה עומדת בכל דרישות החוק, ואם נכסי העמותה והכנסותיה משמשים אך ורק את מטרות העמותה. האישור, אשר ניתן על-ידי הרשם לעמותות, שלאחר בדיקה נמצא כי הן עומדות בדרישות, מכונה “אישור ניהול תקין”. בהחלטת ממשלה מיום 18.7.01 הורחבה חובת הצגת אישור ניהול תקין גם על עמותות הנותנות שירותים למשרדי ממשלה. הטלת החובה האמורה הפכה למעשה את אישור הניהול התקין לתנאי סף עבור עמותות המבקשות ליהנות מתמיכת המדינה או לבצע עבורה שירותים.
הרעיון העומד מאחורי החלטות הממשלה, הוא כי בצד עידוד פעולות מבורכות הנעשות על ידי עמותות רבות, קיים הצורך המובן מאליו לפעול לכך שכספי הציבור המועברים במישרין מהמדינה או בעקיפין, יגיעו ליעדם וישמשו לצורך לו יועדו ולמטרות לשמן ניתנו הכספים. ברור כי במסגרת של תקציב המדינה כספים היוצאים לגוף בלתי ראוי באים על חשבון גופים ראויים ומטרות טובות. כללי הניהול התקין הם הכללים אותם הנהיג רשם העמותות לניהול תקין של עמותות.
קיימים גורמים נוספים המתנים העברת כספים לעמותות בהמצאת אישור ניהול תקין. כך לדוגמא, ועדת הכספים של הכנסת דורשת אישור ניהול תקין מעמותות המבקשות מעמד מיוחד על-פי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה (לפיו זכאי תורם לעמותה כזו לניכוי מס בגין תרומתו), וכן רשויות מקומיות, הסוכנות היהודית וקרנות גדולות. לאחרונה החלו אף תורמים פרטיים להגביל תרומתם ולהעבירה רק לעמותות שיש ברשותן אישור ניהול תקין.
בעקבות החלטות הממשלה, ובהתאם לסמכויות הנתונות לרשם העמותות בחוק העמותות, עוסקת יחידת רשם העמותות שבמשרד המשפטים, בבדיקת כל תיקי העמותות, לא רק אלו הפונות בבקשות לאישור ניהול תקין. היחידה מנפיקה אישורי ניהול תקין לעמותות העומדות בדרישות החוק. אולם, כאשר מבדיקת תיק העמותה עולה כי קיימים ליקויים, ננקטים צעדים כלפי העמותות ובמסגרתם: אי מתן אישור (דהיינו, הוצאת סירוב), מחיקת עמותות, מינוי חוקר או רואה חשבון מלווה, דרישה מהעמותה לעמוד בתכנית הבראה ופיקוח אחריה, ולבסוף במקרים בהם העמותה אינה נענית לדרישות: נקיטה בהליכי פירוק. ניתן גם להטיל קנסות מינהליים בגין הפרת דרישות החוק.
מדובר על סט כללים מורכב, לפיהן חייבת עמותה להגיש מסמכים נדרשים, על מנת לקבל “אישור ניהול תקין”. האישור יינתן רק לעמותה הפעילה שנתיים רצופות לפחות. עמותות שלא מלאו שנתיים לתחילת פעילותן, ולפיכך אינן זכאיות לקבל אישור ניהול תקין, יכולות לקבל אישור על תחילת פעילות (אישור שניתן להגישו גם לרשות המסים במסגרת בקשה לקבלת אישור ע”פ סעיף 46 לפקודת מס הכנסה). עמותות שמלאו שנתיים לפעילותן (או שימלאו שנתיים במועד קרוב), ומעניינות בקבלת אישור ניהול תקין לשנת 2009 בפעם הראשונה שהן מקבלות אישור, צריכות להגיש מסמכים נוספים על אלה שהגישו באישור תחילת פעילות.
משרד עו”ד יעבץ – ביטון, עוסק שנים רבות בניהול תקין של עמותות ואגודות שיתופיות כתב תקנונים, ופעל למול רשם העמותות הן בכתב והן בעתירות מנהליות. עו”ד יעבץ היה מבקר עמותת אתגרים בהתנדבות, ופועל שנים רבות כחבר מועצה בארגון נכי צה”ל לשם שקיפות ארגון נכי צה”ל וניהולו התקין.